L’alliance est composée d’un directoire qui rassemble les principaux acteurs des sciences humaines et sociales en France, d’une délégation générale et de plusieurs groupes de travail.
Le fonctionnement de l’alliance est régi par convention.
Les représentants siégeant au directoire participent aux échanges et aux réflexions, et décident par consensus de la composition des groupes de travail et de l’organisation générale des activités de l’alliance.
Les décisions sont prises à la majorité qualifiée de 2/3.
Le directoire se réunit six à sept fois par an.
Composition
Chaque membre fondateur de l’alliance peut désigner deux personnes pour le représenter au directoire, ce nombre s’étend à quatre pour le CNRS et la CPU
Les représentants en 2020 :
CPU : Jean-François BALAUDE, Président
CNRS : Antoine PETIT, Vice-Président
Représentante : Marie-Hélène BEAUVAIS
Alliance Athéna : Françoise THIBAULT, Déléguée générale
CPU : Lise DUMASY
CPU : Pierre Paul ZALIO
CNRS : François-Joseph RUGGIU
CNRS : Marie GAILLE
CNRS : Fabrice BOUDJAABA
CGE : Anne Lucie WACK.
Représentants : Eric GODELIER et Maria BONNAFOUS-BOUCHER
EHESS : Christophe PROCHASSON
INED : Magda TOMASINI.
Représentant : William MOLMY
INRAE : Philippe MAUGIN.
Représentante : Cécile DETANG-DESSENDRE
IRD : Jean-Paul MOATTI.
Représentant : Estienne RODARY
CEA : François JACQ.
Représentant : Christophe GEGOUT
INSERM : Gilles BLOCH
Représentante : Maria MELCHIOR
AVIESAN : Gilles BLOCH
Représentante : Maria MELCHIOR
ANCRE : François JACQ
Représentants : Mohammed BENLAHSEN et Fabrice LEMOINE
ALLISTENE : Bruno SPORTISSE
Représentant : Claude LABIT
ALLENVI : Jean-Paul MOATTI
Représentants : Sylvain MAHE et Christelle MARLIN